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पिछले दशक में, कैंसर अनुसंधान और नैदानिक ​​अभ्यास में जीन अनुक्रमण तकनीक का व्यापक रूप से उपयोग किया गया है, जो कैंसर की आणविक विशेषताओं को उजागर करने का एक महत्वपूर्ण साधन बन गया है। आणविक निदान और लक्षित चिकित्सा में प्रगति ने ट्यूमर परिशुद्धता चिकित्सा अवधारणाओं के विकास को बढ़ावा दिया है और ट्यूमर निदान और उपचार के पूरे क्षेत्र में बड़े बदलाव लाए हैं। आनुवंशिक परीक्षण का उपयोग कैंसर के जोखिम की चेतावनी देने, उपचार संबंधी निर्णयों का मार्गदर्शन करने और रोग का निदान करने के लिए किया जा सकता है, और यह रोगी के नैदानिक ​​परिणामों को बेहतर बनाने का एक महत्वपूर्ण साधन है। यहाँ, हम कैंसर निदान और उपचार में आनुवंशिक परीक्षण के अनुप्रयोग की समीक्षा करने के लिए CA कैंसर जर्नल ऑफ क्लिनिकल रिसर्च, JCO, Ann Oncol और अन्य पत्रिकाओं में प्रकाशित हाल के लेखों का सारांश प्रस्तुत करते हैं।

दैहिक उत्परिवर्तन और जर्मलाइन उत्परिवर्तन। सामान्यतः, कैंसर डीएनए उत्परिवर्तन के कारण होता है जो माता-पिता से विरासत में मिल सकता है (जर्मलाइन उत्परिवर्तन) या उम्र के साथ प्राप्त हो सकता है (दैहिक उत्परिवर्तन)। जर्मलाइन उत्परिवर्तन जन्म से ही मौजूद होते हैं, और उत्परिवर्तक आमतौर पर शरीर की प्रत्येक कोशिका के डीएनए में उत्परिवर्तन को वहन करता है और संतानों में पारित हो सकता है। दैहिक उत्परिवर्तन गैर-युग्मक कोशिकाओं में व्यक्तियों द्वारा प्राप्त किए जाते हैं और आमतौर पर संतानों में पारित नहीं होते हैं। जर्मलाइन और दैहिक उत्परिवर्तन, दोनों ही कोशिकाओं की सामान्य कार्यात्मक गतिविधि को नष्ट कर सकते हैं और कोशिकाओं के घातक परिवर्तन का कारण बन सकते हैं। दैहिक उत्परिवर्तन घातकता का एक प्रमुख कारक और कैंसर विज्ञान में सबसे अधिक पूर्वानुमानित बायोमार्कर हैं; हालाँकि, लगभग 10 से 20 प्रतिशत ट्यूमर रोगियों में जर्मलाइन उत्परिवर्तन होते हैं जो उनके कैंसर के जोखिम को काफी बढ़ा देते हैं, और इनमें से कुछ उत्परिवर्तन चिकित्सीय भी होते हैं।
चालक उत्परिवर्तन और यात्री उत्परिवर्तन। सभी डीएनए प्रकार कोशिका के कार्य को प्रभावित नहीं करते; औसतन, सामान्य कोशिका क्षय को सक्रिय करने के लिए पाँच से दस जीनोमिक घटनाएँ, जिन्हें "चालक उत्परिवर्तन" कहा जाता है, आवश्यक होती हैं। चालक उत्परिवर्तन अक्सर कोशिका जीवन गतिविधियों से निकटता से संबंधित जीनों में होते हैं, जैसे कोशिका वृद्धि नियमन, डीएनए मरम्मत, कोशिका चक्र नियंत्रण और अन्य जीवन प्रक्रियाओं में शामिल जीन, और इनका उपयोग चिकित्सीय लक्ष्य के रूप में किया जा सकता है। हालाँकि, किसी भी कैंसर में उत्परिवर्तनों की कुल संख्या काफी बड़ी होती है, कुछ स्तन कैंसरों में कुछ हज़ार से लेकर कुछ अत्यधिक परिवर्तनशील कोलोरेक्टल और एंडोमेट्रियल कैंसरों में 100,000 से भी अधिक तक। अधिकांश उत्परिवर्तनों का कोई जैविक महत्व नहीं होता या सीमित होता है, भले ही उत्परिवर्तन कोडिंग क्षेत्र में ही क्यों न हो, ऐसी महत्वहीन उत्परिवर्तनीय घटनाओं को "यात्री उत्परिवर्तन" कहा जाता है। यदि किसी विशेष ट्यूमर प्रकार में एक जीन प्रकार उपचार के प्रति उसकी प्रतिक्रिया या प्रतिरोध की भविष्यवाणी करता है, तो उस प्रकार को चिकित्सकीय रूप से संचालन योग्य माना जाता है।
ऑन्कोजीन और ट्यूमर सप्रेसर जीन। कैंसर में अक्सर उत्परिवर्तित होने वाले जीनों को मोटे तौर पर दो श्रेणियों में विभाजित किया जा सकता है: ऑन्कोजीन और ट्यूमर सप्रेसर जीन। सामान्य कोशिकाओं में, ऑन्कोजीन द्वारा एन्कोड किया गया प्रोटीन मुख्य रूप से कोशिका प्रसार को बढ़ावा देने और कोशिका एपोप्टोसिस को रोकने में भूमिका निभाता है, जबकि ऑन्कोसप्रेसर जीन द्वारा एन्कोड किया गया प्रोटीन सामान्य कोशिका कार्य को बनाए रखने के लिए कोशिका विभाजन को नकारात्मक रूप से नियंत्रित करने के लिए मुख्य रूप से ज़िम्मेदार होता है। घातक परिवर्तन प्रक्रिया में, जीनोमिक उत्परिवर्तन ऑन्कोजीन गतिविधि को बढ़ाता है और ऑन्कोसप्रेसर जीन गतिविधि को कम या नष्ट कर देता है।
लघु भिन्नता और संरचनात्मक भिन्नता। ये जीनोम में उत्परिवर्तन के दो मुख्य प्रकार हैं। लघु रूपांतर, क्षारकों की एक छोटी संख्या को परिवर्तित, विलोपित या जोड़कर डीएनए को परिवर्तित करते हैं, जिसमें क्षारक सम्मिलन, विलोपन, फ़्रेमशिफ्ट, आरंभिक कोडॉन क्षति, अंत्य कोडॉन क्षति उत्परिवर्तन आदि शामिल हैं। संरचनात्मक भिन्नता एक विशाल जीनोम पुनर्व्यवस्था है, जिसमें कुछ हज़ार क्षारकों से लेकर गुणसूत्र के अधिकांश भाग तक के आकार के जीन खंड शामिल होते हैं, जिसमें जीन प्रतिलिपि संख्या में परिवर्तन, गुणसूत्र विलोपन, द्विगुणन, व्युत्क्रमण या स्थानांतरण शामिल हैं। ये उत्परिवर्तन प्रोटीन कार्य में कमी या वृद्धि का कारण बन सकते हैं। व्यक्तिगत जीन के स्तर पर परिवर्तनों के अलावा, जीनोमिक हस्ताक्षर नैदानिक ​​अनुक्रमण रिपोर्ट का भी हिस्सा होते हैं। जीनोमिक हस्ताक्षरों को लघु और/या संरचनात्मक विविधताओं के जटिल पैटर्न के रूप में देखा जा सकता है, जिसमें ट्यूमर उत्परिवर्तन भार (TMB), माइक्रोसैटेलाइट अस्थिरता (MSI), और समजातीय पुनर्संयोजन दोष शामिल हैं।

क्लोनल उत्परिवर्तन और उपक्लोनल उत्परिवर्तन। क्लोनल उत्परिवर्तन सभी ट्यूमर कोशिकाओं में मौजूद होते हैं, निदान के समय मौजूद होते हैं, और उपचार की प्रगति के बाद भी मौजूद रहते हैं। इसलिए, क्लोनल उत्परिवर्तनों का उपयोग ट्यूमर के चिकित्सीय लक्ष्य के रूप में किया जा सकता है। उपक्लोनल उत्परिवर्तन कैंसर कोशिकाओं के केवल एक उपसमूह में मौजूद होते हैं और निदान की शुरुआत में ही पता चल सकते हैं, लेकिन बाद में पुनरावृत्ति के साथ गायब हो जाते हैं या उपचार के बाद ही दिखाई देते हैं। कैंसर विषमता एक ही कैंसर में कई उपक्लोनल उत्परिवर्तनों की उपस्थिति को संदर्भित करती है। उल्लेखनीय रूप से, सभी सामान्य कैंसर प्रजातियों में चिकित्सकीय रूप से महत्वपूर्ण चालक उत्परिवर्तनों का विशाल बहुमत क्लोनल उत्परिवर्तन होता है और कैंसर की प्रगति के दौरान स्थिर रहता है। प्रतिरोध, जो अक्सर उपक्लोन द्वारा मध्यस्थता करता है, निदान के समय पता नहीं चल पाता है, लेकिन उपचार के बाद पुनरावृत्ति होने पर प्रकट होता है।

गुणसूत्र स्तर पर परिवर्तनों का पता लगाने के लिए पारंपरिक तकनीक FISH या कोशिका कैरियोटाइप का उपयोग किया जाता है। FISH का उपयोग जीन संलयन, विलोपन और प्रवर्धन का पता लगाने के लिए किया जा सकता है, और इसे ऐसे रूपों का पता लगाने के लिए "स्वर्ण मानक" माना जाता है, जिसमें उच्च सटीकता और संवेदनशीलता होती है, लेकिन सीमित प्रवाह होता है। कुछ रक्त संबंधी दुर्दमताओं, विशेष रूप से तीव्र ल्यूकेमिया में, निदान और रोग का निदान करने के लिए अभी भी कैरियोटाइपिंग का उपयोग किया जाता है, लेकिन इस तकनीक का स्थान धीरे-धीरे FISH, WGS और NGS जैसे लक्षित आणविक परीक्षणों द्वारा लिया जा रहा है।
व्यक्तिगत जीन में परिवर्तन का पता पीसीआर द्वारा लगाया जा सकता है, रियल-टाइम पीसीआर और डिजिटल ड्रॉप पीसीआर दोनों द्वारा। इन तकनीकों में उच्च संवेदनशीलता होती है, ये छोटे अवशिष्ट घावों का पता लगाने और निगरानी के लिए विशेष रूप से उपयुक्त हैं, और अपेक्षाकृत कम समय में परिणाम प्राप्त कर सकती हैं। नुकसान यह है कि पता लगाने की सीमा सीमित होती है (आमतौर पर केवल एक या कुछ जीनों में उत्परिवर्तन का पता लगाया जा सकता है), और कई परीक्षणों की क्षमता सीमित होती है।
इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री (IHC) एक प्रोटीन-आधारित निगरानी उपकरण है जिसका उपयोग आमतौर पर ERBB2 (HER2) और एस्ट्रोजन रिसेप्टर्स जैसे बायोमार्करों की अभिव्यक्ति का पता लगाने के लिए किया जाता है। IHC का उपयोग विशिष्ट उत्परिवर्तित प्रोटीन (जैसे BRAF V600E) और विशिष्ट जीन संलयन (जैसे ALK संलयन) का पता लगाने के लिए भी किया जा सकता है। IHC का लाभ यह है कि इसे नियमित ऊतक विश्लेषण प्रक्रिया में आसानी से एकीकृत किया जा सकता है, इसलिए इसे अन्य परीक्षणों के साथ जोड़ा जा सकता है। इसके अतिरिक्त, IHC उपकोशिकीय प्रोटीन स्थानीयकरण के बारे में जानकारी प्रदान कर सकता है। इसके नुकसान सीमित मापनीयता और उच्च संगठनात्मक माँगें हैं।
द्वितीय-पीढ़ी अनुक्रमण (एनजीएस) डीएनए और/या आरएनए स्तर पर भिन्नताओं का पता लगाने के लिए उच्च-थ्रूपुट समानांतर अनुक्रमण तकनीकों का उपयोग करता है। इस तकनीक का उपयोग संपूर्ण जीनोम (डब्ल्यूजीएस) और रुचिकर जीन क्षेत्रों, दोनों के अनुक्रमण के लिए किया जा सकता है। डब्ल्यूजीएस सबसे व्यापक जीनोमिक उत्परिवर्तन जानकारी प्रदान करता है, लेकिन इसके नैदानिक ​​अनुप्रयोग में कई बाधाएँ हैं, जिनमें नए ट्यूमर ऊतक नमूनों की आवश्यकता (डब्ल्यूजीएस अभी तक फॉर्मेलिन-स्थिर नमूनों के विश्लेषण के लिए उपयुक्त नहीं है) और उच्च लागत शामिल है।
लक्षित एनजीएस अनुक्रमण में संपूर्ण एक्सॉन अनुक्रमण और लक्ष्य जीन पैनल शामिल हैं। ये परीक्षण डीएनए जांच या पीसीआर प्रवर्धन द्वारा रुचिकर क्षेत्रों को समृद्ध करते हैं, जिससे आवश्यक अनुक्रमण की मात्रा सीमित हो जाती है (संपूर्ण एक्सोम जीनोम का 1 से 2 प्रतिशत होता है, और यहाँ तक कि 500 ​​जीन वाले बड़े पैनल भी जीनोम का केवल 0.1 प्रतिशत ही बनाते हैं)। हालाँकि संपूर्ण एक्सॉन अनुक्रमण फॉर्मेलिन-स्थिर ऊतकों में अच्छा प्रदर्शन करता है, फिर भी इसकी लागत अधिक रहती है। लक्ष्य जीन संयोजन अपेक्षाकृत किफायती होते हैं और परीक्षण हेतु जीन के चयन में लचीलापन प्रदान करते हैं। इसके अलावा, परिसंचारी मुक्त डीएनए (सीएफडीएनए), जिसे लिक्विड बायोप्सी के रूप में जाना जाता है, कैंसर रोगियों के जीनोमिक विश्लेषण के लिए एक नए विकल्प के रूप में उभर रहा है। कैंसर कोशिकाएँ और सामान्य कोशिकाएँ, दोनों ही रक्तप्रवाह में डीएनए छोड़ सकती हैं, और कैंसर कोशिकाओं से निकलने वाले डीएनए को परिसंचारी ट्यूमर डीएनए (सीटीडीएनए) कहा जाता है, जिसका विश्लेषण ट्यूमर कोशिकाओं में संभावित उत्परिवर्तनों का पता लगाने के लिए किया जा सकता है।
परीक्षण का चुनाव उस विशिष्ट नैदानिक ​​समस्या पर निर्भर करता है जिसका समाधान किया जाना है। स्वीकृत उपचारों से जुड़े अधिकांश बायोमार्करों का पता FISH, IHC और PCR तकनीकों द्वारा लगाया जा सकता है। ये विधियाँ बायोमार्करों की कम मात्रा का पता लगाने के लिए उपयुक्त हैं, लेकिन ये बढ़ती हुई क्षमता के साथ पता लगाने की दक्षता में सुधार नहीं करतीं, और यदि बहुत अधिक बायोमार्कर पाए जाते हैं, तो पता लगाने के लिए पर्याप्त ऊतक उपलब्ध नहीं हो सकते हैं। कुछ विशिष्ट कैंसरों, जैसे फेफड़ों के कैंसर, में जहाँ ऊतक के नमूने प्राप्त करना कठिन होता है और परीक्षण के लिए कई बायोमार्कर होते हैं, NGS का उपयोग एक बेहतर विकल्प है। निष्कर्षतः, परख का चुनाव प्रत्येक रोगी के लिए परीक्षण किए जाने वाले बायोमार्करों की संख्या और बायोमार्कर के लिए परीक्षण किए जाने वाले रोगियों की संख्या पर निर्भर करता है। कुछ मामलों में, IHC/FISH का उपयोग पर्याप्त है, खासकर जब लक्ष्य की पहचान हो गई हो, जैसे स्तन कैंसर के रोगियों में एस्ट्रोजन रिसेप्टर्स, प्रोजेस्टेरोन रिसेप्टर्स और ERBB2 का पता लगाना। यदि जीनोमिक उत्परिवर्तनों का अधिक व्यापक अन्वेषण और संभावित चिकित्सीय लक्ष्यों की खोज की आवश्यकता है, तो NGS अधिक व्यवस्थित और लागत प्रभावी है। इसके अतिरिक्त, उन मामलों में एनजीएस पर विचार किया जा सकता है जहां आईएचसी/एफआईएसएच परिणाम अस्पष्ट या अनिर्णायक हों।

विभिन्न दिशानिर्देश इस बारे में मार्गदर्शन प्रदान करते हैं कि कौन से मरीज़ आनुवंशिक परीक्षण के लिए पात्र होने चाहिए। 2020 में, ESMO प्रिसिजन मेडिसिन वर्किंग ग्रुप ने उन्नत कैंसर के मरीज़ों के लिए पहली NGS परीक्षण अनुशंसाएँ जारी कीं, जिसमें उन्नत नॉन-स्क्वैमस नॉन-स्मॉल सेल लंग कैंसर, प्रोस्टेट कैंसर, कोलोरेक्टल कैंसर, पित्त नली के कैंसर और डिम्बग्रंथि के कैंसर के ट्यूमर के नमूनों के लिए नियमित NGS परीक्षण की सिफ़ारिश की गई। 2024 में, ESMO ने इस आधार पर इसे अद्यतन किया और स्तन कैंसर और दुर्लभ ट्यूमर, जैसे गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल स्ट्रोमल ट्यूमर, सार्कोमा, थायरॉइड कैंसर और अज्ञात मूल के कैंसर, को भी इसमें शामिल करने की सिफ़ारिश की।
2022 में, मेटास्टेटिक या उन्नत कैंसर के रोगियों में दैहिक जीनोम परीक्षण पर ASCO की नैदानिक ​​राय में कहा गया है कि यदि मेटास्टेटिक या उन्नत ठोस ट्यूमर वाले रोगियों में बायोमार्कर संबंधी चिकित्सा को मंजूरी दी जाती है, तो इन रोगियों के लिए आनुवंशिक परीक्षण की सिफारिश की जाती है। उदाहरण के लिए, BRAF V600E उत्परिवर्तनों की जाँच के लिए मेटास्टेटिक मेलेनोमा के रोगियों में जीनोमिक परीक्षण किया जाना चाहिए, क्योंकि RAF और MEK अवरोधक इस संकेत के लिए स्वीकृत हैं। इसके अतिरिक्त, यदि रोगी को दी जाने वाली दवा के लिए प्रतिरोध का कोई स्पष्ट संकेतक मौजूद है, तो आनुवंशिक परीक्षण भी किया जाना चाहिए। उदाहरण के लिए, Egfrmab, KRAS उत्परिवर्ती कोलोरेक्टल कैंसर में अप्रभावी है। जीन अनुक्रमण के लिए किसी रोगी की उपयुक्तता पर विचार करते समय, रोगी की शारीरिक स्थिति, सह-रुग्णताएँ और ट्यूमर के चरण को एकीकृत किया जाना चाहिए, क्योंकि जीनोम अनुक्रमण के लिए आवश्यक चरणों की श्रृंखला, जिसमें रोगी की सहमति, प्रयोगशाला प्रसंस्करण और अनुक्रमण परिणामों का विश्लेषण शामिल है, के लिए रोगी की पर्याप्त शारीरिक क्षमता और जीवन प्रत्याशा आवश्यक है।
दैहिक उत्परिवर्तनों के अलावा, कुछ कैंसरों का जर्मलाइन जीन के लिए भी परीक्षण किया जाना चाहिए। जर्मलाइन उत्परिवर्तनों का परीक्षण स्तन, डिम्बग्रंथि, प्रोस्टेट और अग्नाशय के कैंसरों में BRCA1 और BRCA2 उत्परिवर्तन जैसे कैंसरों के उपचार निर्णयों को प्रभावित कर सकता है। जर्मलाइन उत्परिवर्तनों का रोगियों में भविष्य में कैंसर की जाँच और रोकथाम पर भी प्रभाव पड़ सकता है। जो रोगी जर्मलाइन उत्परिवर्तनों के परीक्षण के लिए संभावित रूप से उपयुक्त हैं, उन्हें कुछ शर्तों को पूरा करना होगा, जिनमें कैंसर का पारिवारिक इतिहास, निदान के समय आयु और कैंसर का प्रकार जैसे कारक शामिल हैं। हालाँकि, जर्मलाइन में रोगजनक उत्परिवर्तनों वाले कई रोगी (50% तक) पारिवारिक इतिहास के आधार पर जर्मलाइन उत्परिवर्तनों के परीक्षण के पारंपरिक मानदंडों को पूरा नहीं करते हैं। इसलिए, उत्परिवर्तन वाहकों की पहचान को अधिकतम करने के लिए, राष्ट्रीय व्यापक कैंसर नेटवर्क (NCCN) अनुशंसा करता है कि स्तन, डिम्बग्रंथि, एंडोमेट्रियल, अग्नाशय, कोलोरेक्टल, या प्रोस्टेट कैंसर वाले सभी या अधिकांश रोगियों का जर्मलाइन उत्परिवर्तनों के लिए परीक्षण किया जाए।
आनुवंशिक परीक्षण के समय के संबंध में, चूँकि चिकित्सकीय रूप से महत्वपूर्ण प्रेरक उत्परिवर्तनों का विशाल बहुमत क्लोनल होता है और कैंसर की प्रगति के दौरान अपेक्षाकृत स्थिर रहता है, इसलिए उन्नत कैंसर के निदान के समय रोगियों पर आनुवंशिक परीक्षण करना उचित है। बाद के आनुवंशिक परीक्षणों के लिए, विशेष रूप से आणविक लक्षित चिकित्सा के बाद, ट्यूमर ऊतक डीएनए की तुलना में सीटीडीएनए परीक्षण अधिक लाभदायक है, क्योंकि रक्त डीएनए में सभी ट्यूमर घावों का डीएनए हो सकता है, जो ट्यूमर की विविधता के बारे में जानकारी प्राप्त करने के लिए अधिक अनुकूल है।
उपचार के बाद सीटीडीएनए का विश्लेषण, मानक इमेजिंग विधियों की तुलना में उपचार के प्रति ट्यूमर की प्रतिक्रिया का अनुमान लगाने और रोग की प्रगति का पहले पता लगाने में सक्षम हो सकता है। हालाँकि, उपचार संबंधी निर्णय लेने में इन आँकड़ों के उपयोग के प्रोटोकॉल अभी तक स्थापित नहीं किए गए हैं, और नैदानिक ​​परीक्षणों के अलावा सीटीडीएनए विश्लेषण की अनुशंसा नहीं की जाती है। रेडिकल ट्यूमर सर्जरी के बाद छोटे अवशिष्ट घावों का आकलन करने के लिए भी सीटीडीएनए का उपयोग किया जा सकता है। सर्जरी के बाद सीटीडीएनए परीक्षण, आगे चलकर रोग की प्रगति का एक प्रबल भविष्यवक्ता है और यह निर्धारित करने में मदद कर सकता है कि रोगी को सहायक कीमोथेरेपी से लाभ होगा या नहीं, लेकिन फिर भी, सहायक कीमोथेरेपी संबंधी निर्णय लेने के लिए नैदानिक ​​परीक्षणों के बाहर सीटीडीएनए का उपयोग करने की अनुशंसा नहीं की जाती है।

डेटा प्रोसेसिंग: जीनोम अनुक्रमण का पहला चरण रोगी के नमूनों से डीएनए निकालना, लाइब्रेरी तैयार करना और अपरिष्कृत अनुक्रमण डेटा तैयार करना है। अपरिष्कृत डेटा को आगे की प्रक्रिया की आवश्यकता होती है, जिसमें निम्न-गुणवत्ता वाले डेटा को फ़िल्टर करना, संदर्भ जीनोम से उसकी तुलना करना, विभिन्न विश्लेषणात्मक एल्गोरिदम के माध्यम से विभिन्न प्रकार के उत्परिवर्तनों की पहचान करना, प्रोटीन अनुवाद पर इन उत्परिवर्तनों के प्रभाव का निर्धारण करना और जर्म लाइन उत्परिवर्तनों को फ़िल्टर करना शामिल है।
ड्राइवर जीन एनोटेशन को ड्राइवर और पैसेंजर म्यूटेशन में अंतर करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। ड्राइवर म्यूटेशन ट्यूमर सप्रेसर जीन की सक्रियता को कम या ज़्यादा कर देते हैं। ट्यूमर सप्रेसर जीन को निष्क्रिय करने वाले छोटे वेरिएंट में नॉनसेंस म्यूटेशन, फ्रेमशिफ्ट म्यूटेशन और प्रमुख स्प्लिसिंग साइट म्यूटेशन, साथ ही कम बार होने वाले स्टार्ट कोडन विलोपन, स्टॉप कोडन विलोपन और इंट्रॉन इंसर्शन/डिलीशन म्यूटेशन की एक विस्तृत श्रृंखला शामिल है। इसके अलावा, मिसेंस म्यूटेशन और छोटे इंट्रॉन इंसर्शन/डिलीशन म्यूटेशन भी महत्वपूर्ण कार्यात्मक डोमेन को प्रभावित करते समय ट्यूमर सप्रेसर जीन की सक्रियता को कम कर सकते हैं। संरचनात्मक वेरिएंट जो ट्यूमर सप्रेसर जीन की सक्रियता को कम करते हैं, उनमें आंशिक या पूर्ण जीन विलोपन और अन्य जीनोमिक वेरिएंट शामिल हैं जो जीन रीडिंग फ्रेम को नष्ट कर देते हैं। ऑन्कोजीन के कार्य को बढ़ाने वाले छोटे वेरिएंट में मिसेंस म्यूटेशन और कभी-कभी महत्वपूर्ण प्रोटीन कार्यात्मक डोमेन को लक्षित करने वाले इंट्रॉन इंसर्शन/डिलीशन शामिल हैं। दुर्लभ मामलों में, प्रोटीन ट्रंकेशन या स्प्लिसिंग साइट म्यूटेशन ऑन्कोजीन के सक्रियण का कारण बन सकते हैं। संरचनात्मक विविधताएं जो ऑन्कोजीन सक्रियण का कारण बनती हैं उनमें जीन संलयन, जीन विलोपन और जीन दोहराव शामिल हैं।
जीनोमिक विविधता की नैदानिक ​​व्याख्या, पहचाने गए उत्परिवर्तनों के नैदानिक ​​महत्व, यानी उनके संभावित नैदानिक, रोगसूचक या चिकित्सीय मूल्य का आकलन करती है। कई साक्ष्य-आधारित ग्रेडिंग प्रणालियाँ हैं जिनका उपयोग जीनोमिक विविधता की नैदानिक ​​व्याख्या को निर्देशित करने के लिए किया जा सकता है।
मेमोरियल स्लोअन-केटरिंग कैंसर सेंटर का प्रिसिजन मेडिसिन ऑन्कोलॉजी डेटाबेस (OncoKB) जीन वेरिएंट को दवा के उपयोग के लिए उनके पूर्वानुमानित मूल्य के आधार पर चार स्तरों में वर्गीकृत करता है: स्तर 1/2, FDA-अनुमोदित, या चिकित्सकीय रूप से मानक बायोमार्कर जो किसी अनुमोदित दवा के लिए किसी विशिष्ट संकेत की प्रतिक्रिया की भविष्यवाणी करते हैं; स्तर 3, FDA-अनुमोदित या गैर-अनुमोदित बायोमार्कर जो नैदानिक ​​परीक्षणों में आशाजनक परिणाम दिखाने वाली नई लक्षित दवाओं की प्रतिक्रिया की भविष्यवाणी करते हैं, और स्तर 4, गैर-FDA-अनुमोदित बायोमार्कर जो नैदानिक ​​परीक्षणों में विश्वसनीय जैविक प्रमाण दिखाने वाली नई लक्षित दवाओं की प्रतिक्रिया की भविष्यवाणी करते हैं। उपचार प्रतिरोध से संबंधित एक पाँचवाँ उपसमूह जोड़ा गया।
अमेरिकन सोसाइटी फॉर मॉलिक्यूलर पैथोलॉजी (एएमपी)/अमेरिकन सोसाइटी ऑफ क्लिनिकल ऑन्कोलॉजी (एएससीओ)/कॉलेज ऑफ अमेरिकन पैथोलॉजिस्ट्स (सीएपी) के दैहिक भिन्नता की व्याख्या के दिशानिर्देश, दैहिक भिन्नता को चार श्रेणियों में विभाजित करते हैं: ग्रेड I, जिसका नैदानिक ​​महत्व प्रबल है; ग्रेड II, जिसका नैदानिक ​​महत्व संभावित है; ग्रेड III, जिसका नैदानिक ​​महत्व अज्ञात है; ग्रेड IV, जिसका नैदानिक ​​महत्व ज्ञात नहीं है। उपचार संबंधी निर्णयों के लिए केवल ग्रेड I और II प्रकार ही महत्वपूर्ण हैं।
ईएसएमओ का आणविक लक्ष्य नैदानिक ​​परिचालनात्मकता पैमाना (ईएससीएटी) जीन वेरिएंट को छह स्तरों में वर्गीकृत करता है: स्तर I, नियमित उपयोग के लिए उपयुक्त लक्ष्य; चरण II, एक लक्ष्य जिसका अभी भी अध्ययन किया जा रहा है, इसका उपयोग रोगी आबादी को स्क्रीन करने के लिए किया जा सकता है जो लक्षित दवा से लाभान्वित हो सकते हैं, लेकिन इसे समर्थन देने के लिए अधिक डेटा की आवश्यकता है। ग्रेड III, लक्षित जीन वेरिएंट जिन्होंने अन्य कैंसर प्रजातियों में नैदानिक ​​लाभ का प्रदर्शन किया है; ग्रेड IV, केवल लक्षित जीन वेरिएंट प्रीक्लिनिकल साक्ष्य द्वारा समर्थित हैं; ग्रेड V में, उत्परिवर्तन को लक्षित करने के नैदानिक ​​महत्व का समर्थन करने के लिए सबूत हैं, लेकिन लक्ष्य के खिलाफ एकल दवा चिकित्सा अस्तित्व को नहीं बढ़ाती है,